Joensuun Pyhän Nikolaoksen kirkon historia ulottuu vuoteen 1848, jolloin vastaperustetun Joensuun ruutukaavaan oli jo piirretty Kirkkokadun toiseen päähän ortodoksinen kirkko. Kirkon rakennushankkeen panivat alulle kirkollisesti aktiiviset joensuulaiset kauppiaissuvut, jotka 1869 pidetyn kokouksen jälkeen päättivät lahjoittaa varoja ja puutavaraa kirkon rakentamiseen. Uusi seurakunta muodostuisi Joensuun alueen sekä Ilomantsin ja Taipaleen reuna-alueen ortodokseista.
Alkupääoma kirkon rakentamiseen ei kuitenkaan ollut vielä riittävä, joten rahoitusanomus lähetettiin Pyhälle Synodille Pietariin, joka myönsi 16 650 ruplan avustuksen kirkon rakentamiseksi. Seurakunnalle päätettiin palkata pappi, diakoni ja lukkari. Nälkävuosien ja muiden esteiden vuoksi kirkko saatiin valmiiksi vasta 1887, jolloin uuden kirkon vihkimisen toimitti Laatokan ja Viipurin piispa Antoni.
Kirkko on 21 metriä pitkä, 14m leveä ja torni on 19m korkea. Kirkon ulkomuoto poikkeaa arkkitehti G.F. Karpoffin luonnoksista ja kirkosta tuli suunniteltua pienempi. Utran sahatyöntekijän Gustav Henriksonin näytti myös oman kädenjälkensä kirkon koristelussa. Ilmeisesti kirkko päätettiin pyhittää Pyhälle Nikolaokselle, koska pyhä oli karjalaisille entuudestaan tuttu erityisesti kauppiaiden suojeliana. Kirkon ikonostaasi on maalattu Pietarissa Pyhän Aleksanteri Nevskin lavrassa. Kirkon temppelijuhlaa eli praasniekkaa vietetään pyhän Nikolaoksen päivänä 6.12.
Ortodoksisen kirkon pappien, kanttorien ja uskonnonopettajien koulutuksen siirryttyä Joensuun yliopistoon 1988 haluttiin varmistaa kirkon tulevien työntekijöiden hengellinen kasvu ja käytännön osaaminen. Tätä tehtävää varten Joensuuhun päätettiin rakentaa Ortodoksinen seminaari, jonka rakentamisesta jäi rahaa yli lama-ajan vuoksi. Näillä rahoilla päätettiin rakentaa seminaarin käyttöön oma kirkko, joka valmistui 1995. Kirkon vihki käyttöön Ekumeeninen patriarkka Bartolomeos I ja Arkkipiispa Johannes lukuvuoden avajaisissa.
Bartolomeoksen ja Johanneksen keskustelujen myötä päätettiin kirkon seinät maalata kreikkalais-bysanttilaiseen tyyliin. Freskojen osoittauduttua vaikeaksi ratkaisuksi rakennusteknisistä syistä Konstantinos Ksenopoulos oppilaineen maalasivat ikonit kankaalle, jotka liimattiin kirkon seiniin ja kattoon.
Ortodoksisen seminaarin lukuvuoden aikana toimitetaan arkipäivän jumalanpalvelukset syyskuun puolesta välistä toukokuun puoleen väliin. Kirkon pihamaalla sijaitsevan mosaikkityön on koonnut Krysostomos Ksenopoulos. Kirkon ovat suunnitelleet Antero Turkki ja Ilkka Valkama Thessalonikissa sijaitsevan Kupariseppien kirkon pohjalta. Kirkko päätettiin pyhittää evankelista Johannekselle, koska hän on teologian opiskelijoiden suojeluspyhä. Myöhemmin kirkon pyhiksi liitettiin myös Karjalan valistajat. Kirkon praasniekkaa vietetään 26.9. ja 31.10.–6.11 välisenä lauantaina.
Honkavaaran tsasouna edustaa uudelleen löydettyä hirsirakennusperinnettä ja on valmistunut 2001. Siperian männyistä rakennettu tsasounan on suunnitellut Vilho Suonmaa. Tsasouna rakennettiin kirkkokunnat ylittävin talkoovoimin ja monien lahjoitusten turvin Honkavaaran tiistaiseuran aloitteesta. Pälkisjärven luterilaisen kirkon kattokruunu koristaa kirkkosalia. Tsasouna on osa Honkavaaran karjalaista kulttuuripihaa. Tsasounan omistaa nykyään Joensuun ortodoksinen seurakunta ja siellä toimitetaan jumalanpalveluksia. Tsasouna on pyhitetty Johannes Kastajalle ja se viettää temppelijuhlaansa Johannes Kastajan syntymän juhlana 24.6.
Vuonna 1892 käyttöön vihitty Profeetta Elian kirkko on Suomen suurin ortodoksinen puukirkko. Pietarin Pyhän synodin arkkitehti S.V. Sadovnikovin piirtämä viisikupolinen kirkko edustaa rakennustyyliltään 1700-luvun uusklassismia. Kirkko rakennettiin seurakuntalaisten yhteisten ponnistelujen ja keisarillisen senaatin myöntämän 40 000 markan lainan avulla, jota seurakuntalaiset maksoivat takaisin vuosien ajan.
Ortodoksisen uskon juuret Ilomantsissa syvälle historiaa: nykyinen kirkko on järjestyksessään jo kuudes Ilomantsissa.Ensimmäinen kirjallinen maininta Elian seurakunnasta löytyy vuodelta 1500 olevasta Vatjan viidennestä verokirjasta ja nykyisen kirkonkylän alueella on ollut ortodoksinen pyhäkkö vähintään 1400—luvun jälkipuoliskolta asti.
Profeetta Elian kirkosta löytyy historiallinen vuonna 1756 maalattu sinitaustainen Tihvinän Jumalanäidin ikoni, joka on tuotu toisessa maailmansodassa rajan taakse jääneestä Melaselän kylän tsasounasta. Kirkon suojeluspyhän ikonin on maalannut tunnettu ikonimaalari Petros Sasaki vuonna 1980. Kirkon temppelijuhlaa eli Iljan praasniekkaa vietetään 20.7.
Taipaleen ortodoksisen seurakunnan pääpyhäkkö, Viinijärven Jumalanäidin Tihvinäläisen ikonin kirkko rakennettiin 1900–luvun alussa venäläisen kauppiaan Ivan Stretskovin antaman lahjoituksen avittamana. Lahjoitus tuli tarpeeseen, sillä seurakunnan vanha pyhäkkö oli jo huonossa kunnossa, mutta seurakunnan omat varat eivät olleet riittäneet uuden kirkon rakentamiseen.Uusi kirkko valmistui vuonna 1906 ja arkkipiispa Sergei vihki kirkon käyttöön 9.11.1906. Lahjoittajan pyynnöstä pyhäkkö vihittiin ihmeitätekevän Tihvinän Jumalanäidin ikonin muistolle.
Tyyliltään sortavalalaisen rakennusmestari J.O. Leanderin suunnittelema rakennus on jugend-vaikutteinen ristikirkko. Sen ikonostaasi valmistettiin ja maalattiin Pietarissa ajan tyylin mukaan. Kirkosta löytyy useita historiallisesti mielenkiintoisia ikoneita, kuten 1800–luvun alussa maalattu suurikokoinen Tihvinän Jumalanäidin ikoni, Petros Sasakin maalaama kaksipuoleinen Jumalansynnyttäjän ja Pyhityksen tien ikoni, sekä tyyliltään harvinainen, todennäköisesti Stretskovin perheen kokoelmaan kuulunut ikoni, jossa on kuvattu viisi erilaista jumalanäidin ikonia sekä eri pyhiä. Kirkko viettää temppelijuhlaansa 26.7.
Pyhittäjäisille Sergeille ja Hermannille pyhitetty tsasouna Bomballa pani alulle Suojärven pitäjäseura ry ja tsasounan on suunnitellut arkkitehti Erkki Helasvuo Ägläjärvellä sijainneen tsasounan pohjalta. Tsasounan hirret saatiin lahjoituksena Ylä-Karjalan alueelta, joita tarvittiin kaikkiaan 1500 metriä. Ikonit tsasounaan on maalannut Margit Lintu ortodoksisista ikonitraditiota noudattaen. Kalusteet on saatu lahjoituksena. Temppelijuhlaa vietetään Sergei ja Herman Valamolaisten muistopäivänä 28.6.
Pyhäkön pihalla on myös koskettava sotavankeudessa kuolleiden suojärveläisten muistomerkki ja -ristit.